Viacerí lekári sa s obavami pozerajú do budúcnosti, keď bude elektronické zdravotníctvo nasadené v praxi a zdravotná dokumentácia bude nie na papieri, ale v počítači. Neveria tomu, že im to podstatne zjednoduší prácu s dokumentáciou pacienta. Zdravotníci budú môcť využívať svoje aktuálne systémy, ktoré v počítačoch už majú a tie budú integrované do Národného zdravotného informačného systému (NZIS). Využitím elektronického podpisu (ten dostanú zdravotnícki pracovníci zadarmo) bude môcť vzniknúť elektronická zdravotná dokumentácia, čo je jeden z cieľov implementácie elektronického zdravotníctva. Po školeniach, ktoré lekárov čakajú, budú odbremenení od viacerých administratívnych “papierových” aktov a nahradia ich omnoho rýchlejšie elektronické. Okrem školení bude Program implementácie eHealth vytvárať aj podmienky na dovybavenie pracovísk zdravotníckych profesionálov potrebným technickým zabezpečením.
Veľké diskusie sa viedli o tom, že lekári budú musieť tráviť veľa času prepisovaním údajov o pacientoch z papierovej dokumentácie do nového systému. V skutočnosti sa pre iniciálne naplnenie databázy údajov o pacientoch využijú systémy zdravotných poisťovní, z ktorých sa potrebné údaje do databázy načítajú. Okrem toho napojenie na eHealth bude realizované tak, že lekár bude zadávať údaje do svojho informačného systému ako doteraz, a údaje si budú vymieňať informačné systémy. Preto kvôli elektronickému zdravotníctvu nevznikne lekárom a sestrám práca naviac.
Rovnako systém zabráni opakovaniu administratívnych krokov, akými bolo vypisovanie údajov o pacientovi pri každej návšteve lekára. Po zavedení systému do praxe sa po identifikácii pacienta všetky potrebné údaje lekárovi prenesú do jeho informačného systému.
Veľké obavy sa v mnohých diskusiách objavujú na tému bezpečnosť údajov a ich možné zneužitie. Dnes je neoprávnené nahliadnutie do pacientovej dokumentácie jednoduché vzhľadom na to, že dokumentácie je málokedy uzamknutá v nedostupných úložiskách (skriniach či trezoroch), a používané informačné systémy nemocníc a ambulancií nie sú dokonale chránené, informačno-komunikačné technológie poskytnú viaceré možnosti, ako údaje ochrániť. Či už cez viacstupňovú identifikáciu a autentizáciu občana a lekára, cez rozdelenie a zašifrovanie údajov o pacientoch a ich údajov z vyšetrení (a ich následné spárovanie na základe úspešnej autentizácie).
